Михаэль Шенхайт родился в Заальфельде (Германия).Образование получил в Музыкальном университете имени Феликса Мендельсона-Бартольди по классам дирижирования, фортепиано и органа. В 1984 году выиграл Международный конкурс имени Иоганна Себастьяна Баха в Лейпциге.С 1985 по 1991 года Шенхайт работал органистом и кантором в Заальфельде. В 1986 году он был назначен органистом концертного зала Гевандхаус в Лейпциге. Музыкант организует органные концерты и тематические циклы, участвует в концертах камерной музыки.С 1994 года Михаэль Шенхайт является художественным руководителем Мерзебургского органного фестиваля, ставшим одним из ведущих органных фестивалей ГерманииС 1998 по 2005 года Михаэль Шенхайт руководил хором Карла Филиппа Эммануэля Баха в Гамбурге.Михаэль Шенхайт является членом жюри различных международных конкурсов. На протяжении многих лет он является членом президиума общества Готфрида Зильбермана во ФрайбергеПомимо работы органистом и руководителем ансамбля, Шенхайт на протяжении многих лет посвящает себя историческому молоточковому фортепиано. В качестве особого вклада в Год Бетховена (2020) он совместно с Г. Шварцем создал музыкальный альбом - песенное путешествие «С Кристианом Фюрхтеготтом Геллертом из Лейпцига к Людвигу ван Бетховену в Вену», который, как и «Прекрасная Магелона» Брамса с Клаусом Мертенсом, был выпущен как компакт-диск в 2021 году.Творческую деятельность Шенхайта дополняют выступления на радио и телевидении, выпуск компакт-дисков. К 200-летию Фридриха Ладегаста вместе с органистом Шверинского собора Яном Эрнстом Шенхайт выпустил двойной компакт-диск c соответствующими концертами двух соборных органов Ф. Ладегаста в Мерзебурге и Шверине. Вместе с Merseburger Hofmusik в 2013 году издательством Kamprad была выпущена полная запись оркестровых и кантатных произведений Иоганна Людвига Кребса. За этим в 2016 году последовала запись оратории Гайдна «Сотворение мира», а также Реквиема Макса Регера и «Немецкого реквиема» Брамса.В 2018 году под руководством Шенхайта вышла запись Высокой мессы си минор И.С. Баха.За заслуги в восстановлении органа Мерзебургского собора и за развитие Мерзебургского органного фестиваля Михайэль Шенхайт в 2015 году был отмечен орденом «За заслуги перед землёй Саксонией-Анхальтом».
